Ahogy a világ legtöbb táján, Magyarországon is hatalmas problémát okoz a szegregáció. Itthon főképp a romák és a halmozottan hátrányos helyzetűek azok, akik a jelenség elszenvedőivé válnak. Mivelhogy a romák között eleve sokan hátrányos helyzetben élnek, a probléma őket érinti a legsúlyosabban. Az Együtt Európáért Alapítvány, indulj bátran névvel ellátott projektje, a szegregációban élő hátrányos helyzetűek megsegítésére keresi a megfelelő módszertant. Sokan azt gondolják, hogy a segítség csakis ezen társadalmi státuszú családok érdekében áll. Azonban számos kutatás bizonyította már, hogy a szegregáció csökkentése élénkítő hatással van az ország gazdaságára.
A jelenség statisztikai eszközökkel is mérhető. Ha megvizsgáljuk egy adott településen az aktív korú populációban a munkanélküliek arányát és eredményként egy nagy arányösszeget kapunk, akkor valószínűleg azon a településen érvényesül a szegregáció. Magyarországon az északi és észak-alföldi településeken a legerősebb a szegregáció. A Központi Statisztikai Hivatal 2011-es adatai alapján, Magyarország lakosságának 2,8 százaléka él ilyen térségben. Ezen települések közé tartozik Gyöngyöspata, Kerecsend, Mátészalka. Ugyanakkor vannak olyan városok is, amelyeknek csak bizonyos része minősül szegregációnak. Ilyen például a Gyöngyösön található duranda negyed, Miskolc egyes részei, valamint Budapesten is találhatóak szegregáció által sújtott utcák. Magyarországon e problémakörhöz társul még az iskolai szegregáció is. A hátrányos helyzetűek lakta településeken vagy településrészeken általában rendkívül nehéz az oktatási helyzet. A tehetősebb, valamint a jobb információs tőkével rendelkező szülők gyakorta bevállalják az ingázást, valamint a napi buszköltséget, annak érdekében, hogy gyermekük egy jobb környéken található iskolába járhasson. Azonban erre a nehéz körülmények közt élő családok nem képesek, így a nehéz sorsú gyermekeik egy iskolába koncentrálódnak. Ezáltal pedig a problémás területeken a szegregáció egyre csak fokozódik.